Yıllarca insan dünyasından izole bir şekilde yaşayan dört kaplumbağa kardeş, toplum tarafından kabul görmenin hayalini kurar. Şehri koruyarak New York halkının güvenini kazanmak ve sıradan gençler gibi yaşamak için maceraya atılırlar.
Genç muhabir April O'Neil ile kurdukları dostluk, onları şehrin derinliklerinde gizlenen bir suç örgütünün izini sürmeye yönlendirir. Ancak bu mücadele, hiç beklemedikleri bir tehditle karşılaşacaklarını henüz bilmiyorlardır.
Kısa sürede kendilerini amansız bir mutant ordusuyla savaşırken bulan kaplumbağalar, hem şehrin kaderini hem de kendi geleceklerini belirleyecek bir mücadelenin içine çekilir.
