Viktoryen dönemin gösterişli kasabalarından Peynirkent, lüks ve peynir tutkunu insanlarıyla ünlüdür. Ancak kasaba halkı, geceleri ortaya çıkan ve çocukları kaçırdığına inanılan Kutu Cüceleri’nden korkmaktadır.
Gerçekte ise bu yaratıklar, sırtlarında karton evler taşıyan, mağaralarda yaşayan ve zararsız bir topluluktur.
Kutu Cüceleri tarafından büyütülen Eggs adlı bir çocuk, insanlar ve yaratıklar arasındaki yanlış anlaşılmayı çözmeye çalışır.
Ancak kasabanın kötü niyetli peynir tüccarı Archibald Snatcher, Kutu Cüceleri’ni yok etmek için halkı kışkırtır. Eggs, arkadaşlarını kurtarmak ve gerçekleri ortaya çıkarmak için mücadeleye girişir.
Bu sıra dışı macerada, farklılıkların önyargılarla nasıl gölgelendiği ve dostluğun gücü gözler önüne serilir. Eggs ve Kutu Cüceleri, Peynirkent’in karanlık sırlarını aydınlatırken, kasaba halkı için unutulmaz bir ders verir.