Alternatif bir evrende adaletin sınırları paramparça olur: Joker, Süpermen'i kandırarak sevdiği kadın Lois Lane'i öldürmesine sebep olur. Bu acı dolu ihanet, insanlığın koruyucusunu derin bir öfkeye sürükler ve Süpermen, dünyayı kendi kurallarıyla yönetmeye karar verir.
Artık onun gözünde, gerçek barış ancak mutlak kontrolle sağlanabilir.
Batman ise bu totaliter rejime karşı durmak için harekete geçer.
Yanına Wonder Woman, Flash ve diğer direnişçi süper kahramanları alarak özgürlük mücadelesine girişir. Ancak iki taraf arasındaki çatışma büyüdükçe, dünyanın kendisi bir yıkımın eşiğine gelir.
Süper kahramanların iç savaşı, sadece kaderlerini değil, tüm gezegenin geleceğini belirleyecek bir dönüm noktasına dönüşür. Güç, adalet ve özgür irade kavramları sorgulanırken, herkes bir seçim yapmak zorunda kalır: Ya boyun eğecekler ya da bedeli ne olursa olsun direnecekler.
