İyilik ve Kötülük Okulu, Sophie ve Agatha'nın beklenmedik bir şekilde peri masallarının kalbine sürüklenmesini konu alır. İki yakın arkadaş, iyilerin ve kötülerin eğitim gördüğü büyülü bir okula düşer.
Ancak burada her şey göründüğü gibi değildir; Sophie kendini Kötülük Okulu'nda, Agatha ise İyilik Okulu'nda bulunca ikilinin dostluğu sınanır.
Okulda geçen süre boyunca Sophie ve Agatha, masallardaki rollerini kabullenmekte zorlanır.
Sophie, prenses olma hayallerinin peşinden koşarken, Agatha karanlık bir kaderden kaçmaya çalışır. İkisi de kendilerine biçilen rollere karşı çıkarak gerçek kimliklerini keşfetmek zorunda kalır.
Zamanla, okulun sırları ve masalların ardındaki gerçekler ortaya çıkmaya başlar. Sophie ve Agatha, dostluklarını korumak için birlikte mücadele ederken, iyilik ve kötülük arasındaki çizginin sandıkları kadar net olmadığını fark eder.
Bu yolculuk, onları hem kendileri hem de birbirleri hakkında beklenmedik gerçeklerle yüzleştirir.
