G.I. Joe ekibi, bu kez hem dışarıdan hem de içeriden gelen tehditlerle mücadele etmek zorunda kalır.
Kobra'nın ölümcül planlarına karşı savaşırken, kendi hükümetlerinin içine sızan bir ihanetle de yüzleşirler. Zartan'ın dünya liderlerini kontrol altına alması ve küresel egemenlik peşinde koşması, ekibin varoluşunu tehlikeye atar.
Ekip, eski dostları ve yeni müttefikleriyle bir araya gelerek Kobra'nın gölgesinde büyüyen bu tehdidi durdurmaya çalışır. Yüksek teknolojili silahlar, stratejik operasyonlar ve ölümüne dövüşler, mücadelenin her anında kendini gösterir.
Ancak bu kez düşman, beklenmedik bir şekilde çok daha yakınlarındadır.
Güvenilir olan her şeyin sorgulandığı bu mücadelede, G.I.
Joe ekibi sadece dünyayı kurtarmakla kalmaz, aynı zamanda kendi geçmişleriyle de hesaplaşır. Zartan'ın planlarını bozmak için zaman daralırken, her hareketleri geleceği belirleyecek bir önem taşır.