17. yüzyıl İtalya'sında, dindarlığı ve önsezileriyle manastırda saygı gören Benedetta Carlini, Tanrı'ya adanmış bir yaşam sürer.
Ancak içindeki yasak arzular onu, aynı manastırda yaşayan bir rahibeye karşı tutkulu bir aşka sürükler. Bu ilişki, dönemin katı kuralları ve dini baskılar altında büyük bir risk taşımaktadır.
İki kadın arasındaki yakınlaşma zamanla keşfedilir ve Benedetta, eşcinsellik ve cadılıkla suçlanır. Dini otoriteler tarafından yargılanırken, hem inancı hem de aşkı arasında sıkışıp kalır.
Yaşadığı çatışma, toplumun baskıcı yapısıyla keskin bir karşılaşmaya dönüşür.
Sonuçta Benedetta, suçlu bulunarak otuz beş yıl hapis cezasına çarptırılır.
Hayatının geri kalanını hücrede geçirmek zorunda kalırken, tutkuyla inancın, toplumla bireyin çarpıştığı trajik bir hikâyenin kahramanı olarak tarihe geçer.