Naboo'nun işgalinin üzerinden on yıl geçmiştir ve galaksi büyük bir çatışmanın eşiğindedir. Binlerce sistem, Kont Dooku liderliğinde Galaktik Cumhuriyet'ten ayrılma tehdidinde bulunur.
Senatör Padmé Amidala'ya düzenlenen suikast girişiminin ardından, genç Jedi çırağı Anakin Skywalker onu korumakla görevlendirilir. Anakin, bu görev sırasında Padmé'ye karşı beslediği yasak aşkın yanı sıra içindeki karanlık güçlerle de yüzleşmeye başlar.
Obi-Wan Kenobi, gizemli bir suikastçının peşine düşer ve uzak bir gezegen olan Kamino'da klon ordusunun varlığını keşfeder. Bu ordunun kimin emriyle yaratıldığı ise büyük bir sırdır.
Anakin ve Padmé, Obi-Wan'ı kurtarmak için Geonosis'e giderken, aralarındaki duygusal bağ daha da güçlenir. Ancak Anakin'in öfkesi ve korkusu, onu Jedi yolundan uzaklaştıracak tehlikeli bir hal alır.
Geonosis'te patlak veren çatışma, Klon Savaşları'nın başlangıcı olur. Jedi'lar ve yeni klon birlikleri, Ayrılıkçıların droid ordusuna karşı büyük bir savaşa girişir.
Anakin, Obi-Wan ve Padmé, Kont Dooku ile yüzleşirken, galaksinin kaderini değiştirecek olaylar birbirini tetikler.
