Evrenin ilk ve en güçlü mutantı olan Apocalypse, binlerce yıl boyunca uykuda kaldıktan sonra uyanır. Karşılaştığı dünya, onun beklentilerini karşılamaktan çok uzaktır.
Hayal kırıklığına uğrayan Apocalypse, insanlığı yok edip yerine kendi hüküm süreceği yeni bir düzen kurmaya karar verir. Bu amacına ulaşmak için Magneto gibi güçlü mutantları yanına alarak karanlık bir ordu oluşturur.
Genç X-Men ekibi, Apocalypse'in yıkıcı planlarını durdurmak için harekete geçer. Profesör X ve öğrencileri, insanlığın sonunu getirebilecek bu tehditle yüzleşmek zorundadır.
Yeni yeteneklerini keşfeden mutantlar, hem kendilerini hem de dünyayı kurtarmak için birlikte mücadele eder.
İki taraf arasındeki çatışma, mutantların kaderini belirleyecek bir savaşa dönüşür.
Apocalypse'in gücüne karşı koymak için her şeylerini ortaya koyan X-Men, insanlığın geleceğini kurtarmaya çalışır. Bu mücadelede dostluk, ihanet ve güç sınırları test edilirken, dünya büyük bir yıkımın eşiğine gelir.
