William Stryker adında tehlikeli bir düşman, mutantlara ve insanlığa karşı büyük bir tehdit oluşturmaktadır. Profesör Xavier'in okulunu hedef alan Stryker, mutantların güçlerini kontrol etmek ve onları yok etmek için karanlık bir plan yapar.
Bu sırada Wolverine, geçmişine dair izleri takip ederken kendisini beklenmedik bir mücadelenin içinde bulur.
X-Men ekibi, Stryker'ın planlarını durdurmak için harekete geçer.
Ancak bu kez, düşmanları Magneto ve Mystique ile beklenmedik bir ittifak kurmak zorunda kalırlar. Farklı yeteneklere sahip mutantlar, insanlığın geleceğini kurtarmak için birlikte çalışırken, aralarındaki güven sınırları da test edilir.
Wolverine'in geçmişiyle yüzleşmesi, ekibin içindeki dinamikleri değiştirir. Stryker'ın laboratuvarlarında saklanan sırlar, hem Wolverine hem de diğer mutantlar için yeni tehlikeler barındırır.
X-Men, bu kez sadece dünyayı değil, kendi geleceklerini de kurtarmak için savaşmak zorundadır.
