Profesör Xavier, insanlığın büyük bir kısmının farkında olmadığı bir gerçeği bilir: bazı insanlar, genetik mutasyonlar sonucu sıra dışı yeteneklere sahiptir. Bu bireyleri korumak ve güçlerini kontrol etmelerine yardımcı olmak için özel bir okul kurar.
Burada toplanan genç mutantlar, dünyayı tehdit eden kötü niyetli güçlere karşı savaşmak üzere eğitilir.
Ancak tehdit sadece dışarıdan gelmez.
İnsanlar, mutantlardan korkmakta ve onları bir tehdit olarak görmektedir. Politikacılar, mutantları hedef alan yasalar çıkarmaya çalışırken, Magneto gibi güçlü bir mutant, insanlığa karşı savaş açmayı planlar.
X-Men ekibi, hem insanların önyargılarıyla hem de Magneto'nun yıkıcı planlarıyla mücadele etmek zorundadır.
İki farklı ideoloji çatışır: Xavier barışçıl bir birlikte yaşamı savunurken, Magneto intikam peşindedir.
X-Men, dünyayı kurtarmak için zamanla yarışırken, her bir üyenin yetenekleri ve fedakarlıkları sınanacaktır. Bu savaş, sadece mutantların değil, tüm insanlığın kaderini belirleyecektir.
