Şrek ve Fiona, krallığın sorumluluklarıyla boğuşurken eski sakin bataklık hayatlarını özler. Şrek, kral olmak istemediğini fark eder ve tahtın gerçek varisi Artus'u bulmak için yola koyulur.
Yanında her zamanki kankaları Eşek ve Çizmeli Kedi vardır, ancak Artus’u krallığa ikna etmek hiç de kolay olmayacaktır.
Bu arada, Fiona ve diğer peri masalı karakterleri, Prens Charming’in krallığı ele geçirme planlarıyla baş etmek zorundadır.
Charming, intikam peşindedir ve Fiona’nın liderliğinde bir direnişle karşılaşır. Kadınlar, kendi güçlerini keşfederken, Şrek ve ekibi de Artus’a kral olma cesareti aşılamaya çalışır.
İki ayrı macera paralel ilerlerken, Şrek hem dostluk hem de aile bağlarının önemini bir kez daha anlar. Artus’un kaderiyle yüzleşmesi ve Fiona’nın Charming’e karşı verdiği mücadele, krallığın geleceğini belirleyecektir.
Tüm bu kaosun içinde, Şrek sonunda gerçekten ne istediğini keşfeder.
