Şrek ve Fiona, bataklıklarında sakin ve mutlu bir hayat sürerken, Şrek’in aklına eski günlerdeki özgürlük ve macera dolu anlar takılır. Bir anlık özlemle, "gerçek bir dev gibi" sonsuza dek mutlu yaşamayı diler.
Ancak bu dilek, beklenmedik bir şekilde gerçekleşir ve Şrek kendini bambaşka bir gerçeklikte bulur. Bu yeni dünyada her şey kusursuz görünse de, aslında hiçbir şey tanıdığı gibi değildir.
Şrek, bu alternatif evrende Fiona’nın kendisini tanımadığını, dostu Eşek’in bile ondan uzak durduğunu fark eder. Üstelik, tüm krallık kötü kalpli bir büyücünün kontrolü altındadır.
Artık sevdiklerini geri kazanmak ve gerçek mutluluğun ne olduğunu anlamak için zamana karşı bir mücadele vermek zorundadır.
Bu yolculukta Şrek, aşkın ve dostluğun değerini yeniden keşfeder.
Eski hayatının ne kadar kıymetli olduğunu anladıkça, her şeyi eski haline döndürmek için son bir şansı yakalamaya çalışır. Ancak bu kez, gerçek mutluluğun aslında hep yanında olduğunu fark edecektir.
