Mystery Inc. ekibinin dağılmasının üzerinden iki yıl geçmiştir.
Scooby-Doo ve dedektif arkadaşları Fred, Daphne, Shaggy ile Velma, bir araya gelerek gizem dolu Spooky Adası’na giderler. Buradaki tuhaf olayları araştırmakla görevlendirilen ekip, adanın sahibi Emile Mondavarious’un yardım çağrısına kulak verir.
Mondavarious, adanın gerçekten perili olabileceğinden endişelenmektedir.
Ekip üyeleri, aralarındaki anlaşmazlıkları bir kenara bırakıp yeniden takım olmak zorundadır.
Spooky Adası’ndaki esrarengiz olaylar, sadece onların değil, tüm dünyanın kaderini etkileyebilecek kadar tehlikelidir. Scooby ve Shaggy’nin komik maceraları, Fred’in liderliği, Daphne’nin cesareti ve Velma’nın zekası birleşince, bu gizemi çözmek için tüm becerilerini ortaya koyarlar.
Korku dolu anlar ve beklenmedik sürprizlerle dolu bu macerada, Mystery Inc. ekibi gerçekle yüzleşmeye hazırlanır.
Ancak birlikte hareket ederlerse, adadaki kötülüğün üstesinden gelebilir ve dünyayı kurtarabilirler.
