Neo, son bir umutla gerçek dünyada ve Matrix’te eşzamanlı mücadele verir. Ajan Smith’in giderek güçlenen tehdidine karşı koyarken, aynı zamanda Zion’un makinelerin ezici gücüne karşı direnişine de katkı sağlamaya çalışır.
Zion, insanlığın son kalesi olarak devasa makinelerin istilasına karşı savunmaya geçer. Şehrin kaderi, Neo’nun hem Matrix’te hem de gerçek dünyada verdiği savaşa bağlıdır.
Her an, son çarpışmanın eşiğinde hissedilir.
İki cephede birden süren bu mücadelede, Neo’nun seçimleri yalnızca kendi kaderini değil, tüm insanlığın geleceğini belirleyecektir.
Makinelerle olan savaşın son perdesi, beklenmedik fedakarlıklarla şekillenir.