Labirent 2, Labirent'ten kurtulan Thomas ve arkadaşları, kendilerini bu kez daha büyük bir tehlikenin içinde bulur. WCKD adlı gizemli örgütün peşindeki sırları çözmek için çetin bir mücadeleye atılırlar.
Ancak özgürlük sandıkları yer, aslında yeni bir tuzağın başlangıcıdır.
Yolculukları onları Alev adı verilen, ölümcül tehlikelerle dolu çorak bir arazide sınar.
Bu ıssız topraklarda hem doğanın acımasızlığıyla hem de WCKD'nin takibiyle yüzleşirler. Her adımda yeni bir gizem ortaya çıkar, güvenilir sandıkları her şey sorgulanır hale gelir.
Thomas ve grubu, gerçeğe ulaşmak için birbirlerine kenetlenmek zorundadır. Ancak Alev'in karanlık sırları, onları hiç beklemedikleri bir sona sürükleyebilir.
Bu kez kaçacak bir labirent yoktur; tek çare, mücadeleye devam etmektir.