Binbaşı Motoko Kusanagi, insan beyninin mekanik bir bedene aktarılmasıyla hayata döndürülmüş bir cyborgtur. Siber terörle mücadele biriminin lideri olarak, teknolojinin gölgesinde gelişen suçlarla savaşır.
Ancak bu kez karşısına çıkan hacker Puppet Master, sadece bir suçlu değil, aynı zamanda insanlık ve bilinç hakkında derin soruları da beraberinde getiren bir tehdittir.
Kusanagi ve ekibi, Puppet Master'ın peşine düştükçe, gerçeklik ve kimlik kavramları giderek bulanıklaşır.
Hacker, insan hafızasını manipüle edebilme gücüyle, herkesin geçmişini ve hatta varoluşunu sorgulamasına neden olur. Binbaşı, bu tehlikeli kovalamacanın ortasında kendi insanlığını ve cyborg bedenindeki yerini yeniden değerlendirmek zorunda kalır.
"Kabuktaki Hayalet," teknoloji ve insan bilincinin iç içe geçtiği bir dünyada, benliğin sınırlarını zorlayan bir gerilimle ilerler. Kusanagi'nin Puppet Master ile olan mücadelesi, sadece bir suç hikayesi değil, aynı zamanda ruhun makinelerdeki yansımasına dair derin bir sorgulamadır.
