Çocuk ve Balıkçıl, savaşın gölgesinde büyüyen bir çocuğun iç dünyasına dokunan büyülü bir yolculuğu anlatıyor. Genç Mahito, annesini kaybettikten sonra babasıyla birlikte kırsala yerleşir.
Yalnızlık ve yabancılık duygusuyla boğuşurken, terk edilmiş bir kule onun için bir kaçış noktası haline gelir.
Kulenin gizemli atmosferinde Mahito, gri bir balıkçıl kuşuyla sık sık karşılaşır.
Bu kuş, onu beklenmedik bir maceraya sürükler. Gördüğü her şeyin ardında farklı bir gerçeklik olduğunu fark eden Mahito, kendini sıra dışı bir dünyanın içinde bulur.
Zamanla, balıkçılın rehberliğinde keşfettiği bu dünya, Mahito'nun kayıplarla dolu geçmişiyle yüzleşmesine vesile olur. Görünen ile gerçek arasındaki çizgi bulanıklaşırken, onun içsel yolculuğu da derinleşir.