Batman ve ekibi, zamanda yolculuk yaparak günümüze döndüklerinde şaşkınlığa uğrarlar: Japonya ortadan kaybolmuş, dev bir ada Gotham Şehri'nin üzerinde yükselmektedir. Bu adada, onursuz ve acımasız bir güç olan Yakuza Ligi hüküm sürer.
Adalet Birliği'ni andıran ancak kötülükle dolu bu süper güçlü grup, Gotham'ı ele geçirmiştir.
Batman, Gotham'ı kurtarmak için Robin, Nightwing ve diğer müttefikleriyle birlikte harekete geçer.
Ancak bu kez düşmanları sıradan suçlular değil, geleneksel ninja yetenekleriyle donanmış güçlü Yakuza savaşçılarıdır. Batman'in zekası ve becerileri, bu yeni tehdide karşı sınanacaktır.
Feodal Japonya'nın karanlık sanatlarıyla modern Gotham'ın suç dünyasının çarpıştığı bu epik mücadelede, Batman ve ekibi hem fiziksel hem de ahlaki bir sınavdan geçer. Gotham'ın kaderi, Batman'in ninja tekniklerini ustalıkla kullanıp kullanamayacağına bağlıdır.
