Genç ve idealist dilbilimci Milo Thatch, efsanevi Atlantis uygarlığının izini sürmek için hayatını adar. Atalarından kalma kadim bir günlüğün rehberliğinde, Komutan Rourke liderliğindeki yetenekli bir ekiple birlikte, teknolojik harika Ulysses denizaltısıyla okyanusun derinliklerine doğru tehlikeli bir yolculuğa çıkar.
Ekip, unutulmuş bir dünyanın kapılarını aralayarak Atlantis'in muhteşem şehrine ulaşır. Burada karşılaştıkları ileri teknoloji, gizemli enerji kaynakları ve antik bilgelik, hepsini hayrete düşürür.
Ancak keşif heyecanı, Rourke'un gerçek niyetini ortaya çıkarmasıyla ani bir şok yaşar.
Milo, kâşiflerin aslında hazine peşindeki paralı askerler olduğunu anlayınca kaderi değişir.
Artık amacı Atlantis'i bulmak değil, bu kadim medeniyeti ve onun mirasını yok olmaktan korumaktır. Tek başına, şehrin sakinleriyle birleşerek umutsuz bir mücadeleye girişir.
