Sam Witwicky, Transformers'ın dünyadaki gizemli geçmişine dair şok edici gerçeklerle yüzleşir. Sahip olduğu bilgi, Decepticonların binlerce yıldır peşinde olduğu bir gücün anahtarıdır.
Artık hem insanlık hem de Autobotlar için tehdit çok daha büyüktür.
Decepticonlar, Sam'in zihnindeki sırrı çalmak için her yolu dener.
Onu korumak ise Optimus Prime ve diğer Autobotlara düşer. Ancak bu kez düşman, antik çağlardan beri saklanan "Düşen" adlı güçlü bir varlığın desteğine sahiptir.
Mücadelenin finali, Giza piramitlerinin gizemli koridorlarında yaşanır. Kayıp bir Transformers tapınağının enerjisi, iki taraf arasındaki savaşı sonsuza dek değiştirecek güçtedir.
Sam ve arkadaşları, dünyanın kaderini belirlemek için zamanla yarışır.