Siyah Giyen Adamlar 2'de, Kay ve Jay adlı iki gizli ajan, Dünya'daki uzaylı faaliyetlerini denetlemek için yeniden bir araya gelir. Kay'ın hafızası silinmiş ve sıradan bir hayat yaşarken, Jay onu acilen göreve geri çağırır.
Çünkü galaksiler arası bir tehdit, insanlığın sonunu getirebilir.
Tehlike, bir iç çamaşırı mağazasında çalışan ve aslında Kylothianlı bir canavar olan Serleena'dan gelmektedir.
Dünya'yı ele geçirmek için gizemli bir güce sahip olan ışık küresini ararken, Siyah Giyen Adamlar onu durdurmak zorundadır. İkilinin yolu, uzaylı taksonomisti Laura Vasquez ile de kesişir.
Kay'ın geçmişi ve unuttuğu sırlar, bu mücadelenin anahtarıdır. Serleena'nın peşindeyken, hem kendi aralarındaki dinamik hem de uzaylılarla olan ilişkileri sınanır.
Dünya'nın kaderi, bu ikilinin yeniden ekip olabilmesine bağlıdır.
