Dört genç mutant kaplumbağa ve bilge ustaları Splinter, New York'un derin kanalizasyonlarında antik ninjutsu sanatını öğrenmeye devam ederken bir yandan da şehri tehdit eden kötülüklere karşı mücadele ediyor.
Bu kez karşılarında, insanları mutasyona uğratan gizemli bir madde olan "ooze"un peşine düşen tehlikeli bir bilim insanı çıkıyor.
Shredder'in yeniden ortaya çıkışı ve oozun sırrını ele geçirme planları, kaplumbağaları yeni bir maceraya sürüklüyor.
İki yeni mutantın -Tokka ve Rahzar- yaratılmasıyla durum daha da karmaşık hale gelirken, kahramanlarımız kendilerini beklenmedik bir mücadelenin içinde buluyor.
Leonardo, Donatello, Michelangelo ve Raphael, hem kendi kökenlerinin gizemini çözmek hem de şehirlerini korumak için tüm becerilerini kullanmak zorunda kalıyor.
Yeraltı dünyasında ve şehrin sokaklarında geçen bu soluk kesen macera, dostluk ve dayanışmanın gücünü bir kez daha gözler önüne seriyor.
