New York'un derin kanalizasyonlarında, radyasyonun dönüştürdüğü dört genç kaplumbağa, ustaları Splinter adlı bilge bir mutant farenin rehberliğinde ninja savaşçılarına dönüşür. Rönesans'ın büyük sanatçılarının isimlerini alan Leonardo, Donatello, Michelangelo ve Raphael, gece karanlığında şehrin suçlularına karşı sessizce mücadele eder.
Gazeteci April O'Neil, şehrin gizemli koruyucularının izine rastladığında, kaplumbağaların varlığı beklenmedik bir şekilde ortaya çıkar. Onların güvenini kazanan April, tehlikeli bir organizasyonun şehri ele geçirme planlarını öğrenir.
Kötülüğün efendisi Shredder ve Foot Clan'ın yükselişi karşısında, dört kardeş ve yeni müttefikleri tüm cesaretlerini toplar. Şehrin kaderi, bu sıra dışı kahramanların gizli dünyayla gerçek dünya arasında kurduğu ittifaka bağlıdır.
