New York'un karanlık güçler tarafından kuşatıldığı bir dönemde, Shredder ve sadık destekçileri şehrin kontrolünü ele geçirmiştir. Kanun yapıcılar ve kolluk kuvvetleri aciz durumdadır, umutlar tükenmek üzeredir.
Bu çaresizlik anında, kanalizasyonlardan çıkarak beklenmedik bir kurtuluş umudu doğar: dört mutant kaplumbağa kardeş.
Leonardo, Donatello, Michelangelo ve Raphael, insanüstü ninja becerileriyle suçla mücadele etmeye başlar.
Şehrin kaderi, cesur muhabir April O'Neil ve eksantrik kameramanı Vern Fenwick ile kaplumbağaların yollarının kesişmesiyle değişir. Birlikte, Shredder'in şehri tamamen ele geçirme planlarını engellemek için mücadele verirler.
Ninja Kaplumbağalar, yeteneklerini ve dayanışmalarını sınayan bir sınavla karşı karşıyadır. Shredder'in acımasız ordusuna karşı verilen bu mücadele, sadece New York'un değil, tüm insanlığın geleceğini belirleyecektir.
