Neo, geçmişin bulanık anılarıyla boğuşurken kendini yeniden Matrix’in içinde bulur. Gerçeklikle yanılsama arasındaki çizgi giderek silikleşirken, onu bekleyen sırlar ve unutulmuş bağlar ortaya çıkmaya başlar.
Yıllar sonra uyanan Neo, tanıdık ama bir o kadar da değişmiş bir dünyayla karşı karşıya kalır. Eski müttefikleri ve düşmanları, onun dönüşünün ardındaki gerçeği keşfetmek için peşine düşer.
Matrix’in derinliklerinde saklı yeni bir tehdit, her şeyi yeniden sorgulatacaktır.
Geçmişin izlerini takip ederken, Neo ve Trinity’nin yolları beklenmedik şekilde kesişir.
Birlikte, sistemin ötesinde bir güç arayışına çıkarlar. Ancak bu kez kaçış, sadece kendileri için değil, tüm insanlık için bir dönüm noktası olacaktır.