Thomas Anderson, bilgisayar başında çalışan bir programcıyken aslında Neo kod adıyla usta bir hacker'dır. Ancak peşinde siyah takım elbiseli, gözlüklü adamlar dolaşmaktadır.
Bu gizemli takipçilerin sebebini, tanışacağı Morpheus adlı kişiden öğrenecektir. Morpheus'un anlattıklarıyla Neo, dünyanın gerçek yüzüyle yüzleşecektir.
Görünenin aksine, insanlar aslında uzaydan gelen varlıkların köleleridir. Neo, Trinity ve Morpheus ile birlikte, bu baskıcı düzeni yıkmaya çalışan bir grubun üyesi olacaktır.
Neo ve arkadaşları, gerçeği öğrenme ve insanlığı esaretten kurtarma yolunda tehlikelerle dolu bir maceraya atılacaklardır. Matrix'in sınırlarını zorlayacak, gerçek ile sanal arasındaki çizgileri bulanıklaştıracaklardır.