Selene ve insan-Lycan melezi sevgilisi Michael, vampirlerin atası Marcus'u öldürdükten sonra insanlık her iki türün de varlığından haberdar olur. Vampirler ve Lycanlar, insanlar tarafından yok edilmek üzere avlanmaya başlar.
Selene, bu soykırım sırasında yakalanır ve on yılı aşkın bir süre boyunca Antigen adlı gizli bir laboratuvarda tutsak kalır.
Uyandığında, Michael'ın öldüğünü öğrenen Selene, büyük bir acıya kapılır.
Ancak, donmuş halde geçirdiği yıllarda Michael'dan olan kızı Eve'i doğurduğunu keşfeder. Antigen'in vampir ve Lycan virüsüne karşı aşı geliştirme çabalarının ardında daha karanlık bir gerçek yatmaktadır.
Selene, kızını kurtarmak ve hayatta kalmak için kaçmaya çalışırken kendini tamamen değişmiş bir dünyada bulur.
Artık vampirler ve Lycanlar neredeyse yok olma noktasına gelmiştir.
Hayatta kalanlar ise insanlardan saklanarak yeraltında yaşamaktadır. Selene, hem kendini hem de kızını korumak için bu yeni düzende savaşmak zorundadır.
Ancak, Antigen'in planları ve Eve'in gizemi, her şeyi daha da karmaşık hale getirecektir.
