1999 yılında Japonya'daki Janjira nükleer santralinde yaşanan gizemli bir patlama, gözetmen Joe Brody'nin hayatını altüst eder. Eşi Sandra ve birçok meslektaşı bu felakette hayatını kaybederken, Joe yıllar boyunca gerçeği bulmak için takıntılı bir araştırma yürütür.
Oğlu Ford, ABD Deniz Kuvvetleri'nde görev yaparken, babasının çağrısıyla Japonya'ya gelir ve birlikte santralin enkazına inerler.
İkili, enkazın altında beklenmedik bir keşif yapar: Devasa bir yaratık, insanlık için büyük bir tehdit oluşturmaktadır.
Bu keşif, dünyanın kadim bir güçle ilk kez yüzleşmesine yol açar. Ancak ortaya çıkan tek tehlike bu değildir; başka varlıklar da uyanmaya başlar.
Ford ve Joe, bu yıkıcı güçlerin arasında insanlığın kaderini değiştirecek bir mücadeleye tanık olur. Devasa yaratıkların çarpışması, modern dünyanın hiç hazırlıklı olmadığı bir savaşa dönüşür.
Bu kaosun ortasında, belki de tek umut, en korkunç olanın kendisidir.
